Lemontree heeft kwaliteit en klanttevredenheid zeer hoog in het vaandel staan. Toch kunnen er geschillen ontstaan. Daartoe kunnen klanten van Lemontree bij de Servicedesk of de Servicemanager een klacht aanmelden. Op dat moment gaat de klachtenprocedure werken en wordt er naast een ticket een project aangemaakt waarin de stappen (inclusief eindcontrole en goedkeuring afhandeling) rond de afhandeling van klachten (afwijkingen) conform de eisen van ISO9001 worden opgenomen. Lemontree zal altijd binnen 14 dagen reageren op een ingediende klacht.